小智和小霞带着学生们来到了波尼岛为期一周的自由研究的课程，波尼岛的乔伊小姐在码头迎接小智一行人。
乔伊小姐道：“阿罗拉，欢迎来到波尼岛。”
“阿罗拉！”
小智道：“从今天开始，就麻烦乔伊小姐对学生们多多照顾了！”
乔伊小姐道：“尽管交给我吧！”
小霞道：“这次的自由研究大家都已经确定好课题了吧！”
马玛内道：“我先来说说吧！我的课题是想让虫电宝在波尼岛上完成进化，我听说在波尼岛上更容易成功呢！”
乔伊小姐道：“确实，你可以去波尼岛的大峡谷看看。”
马玛内道：“这是一个重要的情报！虫电宝我们一起加油吧！”
卡奇道：“我要在波尼岛的大自然中打磨自己静心修炼，超越现在的自己。”
玛奥道：“我呢是要找到波尼白萝卜然后给艾纳餐馆的菜单上加入新菜品。”
洛托姆图鉴疑惑道：“波尼白萝卜？我还是第一次听说洛托！”
乔伊小姐帮忙解释道：“是这个岛上特有的白萝卜，长度惊人，所以很难拔，要小心不能折断。”
水莲道：“我呢是要去见伊雅小姐，我们在信中已经说好了！”
最后轮到了莉莉艾说自己的课题了，但是莉莉艾却看着波尼岛的港口愣神，小智提醒道：“莉莉艾。”
莉莉艾回过了神道：“抱歉啊！我是在想我们都是第一次认真来到波尼岛，虽然之前来过了好几次，但都是直接去的日轮祭坛。”
卡奇道：“我们都还是第一次认真参观波尼岛呢！”
莉莉艾道：“是啊！所以我的研究课题是想要观察岛上的宝可梦们，给它们做观察记录。”
小智笑道：“那么接下来的一周时间，大家就为了完成自己的研究课题而奋斗吧！”
库库伊博士最近为了联盟大会的建造场地忙得不可开交，这次的自由研究之行，小智还受到了库库伊博士的委托，找新的继任者接任波尼岛的岛屿之王。
波尼岛的前任岛屿之王索夫乌因为身体和年纪双方面的原因已经从岛屿之王的位置上隐退，一年前索夫乌先生就已经去世了。
小智从乔伊小姐那里得知了，索夫乌有个孙女名叫哈普乌，擅长使用地面系宝可梦，是最适合接任岛屿之王的人。
小智将学生们交给小霞之后，就沿着山路来到了一片种着波尼白萝卜的田地旁，看到了一只泥偶巨人正在拔萝卜。
小智的靠近被一个女孩的声音叫住，道：“请问你有什么事吗？”
女孩从泥偶巨人的肩膀上跳了下来，这个女孩个子不高，头上戴着一顶紫色的帽子很像是精致的洋娃娃。
小智道：“你就是索夫乌先生的孙女哈普乌吧！我是真新镇的小智，现在是宝可梦学校的老师，受美乐美乐岛的岛屿之王哈拉先生和库库伊博士的所托，想要请你继任波尼岛的岛屿女王。”
哈普乌摇头道：“不行的，卡噗鳍鳍不认可我的实力，就算我想要也没有办法。”
小智道：“或许我知道你为什么得不到卡噗鳍鳍的认可。对于你的事情我听乔伊小姐说过一些。”
哈普乌焦急道：“小智先生请你告诉我！”
小智道：“需要你自己去体会。我的学生们正在宝可梦中心里，或许你跟他们相处几天就能清楚了。”
哈普乌道：“小智先生，你和爷爷说了一样的话。我知道了！”
哈普乌跟着小智来到了宝可梦中心里，和大家相互介绍了一下后，莉莉艾她们几个小女生就打成了一片，但哈普乌却透露出有些小心翼翼地谨慎和不知所措。
小霞道：“我或许也知道了哈普乌为什么会得不到卡噗鳍鳍的认可了！之前乔伊小姐说过，哈普乌的性子很要强，这附近没有和她同龄的孩子，宝可梦对战也都是跟大人们进行，所以她不明白什么是朋友。”
小智道：“就是如此，虽然哈普乌的宝可梦对战水平很高，像是泥偶巨人都被她培养的很好，但是身为岛屿女王只懂得严格的训练是不够的，她需要学习什么是爱什么是友情，才能更好的保护波尼岛，这才是卡噗鳍鳍一直不认可她的原因。就让玛奥她们和哈普乌好好相处看看吧！”
翌日，大家都开始了自由研究，莉莉艾带着白滚滚进入了波尼岛上的森林给遇到的各种宝可梦拍照，为研究报告收集素材。
莉莉艾兴奋道：“有喇叭啄鸟、猫鼬探长、凯洛斯还有布鲁皇！大家都好可爱啊！”
白滚滚似乎是感受到了什么朝着一个方向跑了起来，莉莉艾急忙跟上了白滚滚道：“等等啊！白滚滚你要去哪里？”
白滚滚奔跑的方向是格拉吉欧带着银伴战兽它们正在训练，月亮伊布朝银伴战兽和鬃岩狼人同时使用了影子球，两只反应迅速躲开了攻击。接下来鬃岩狼人使用了尖石攻击，银伴战兽用铁头粉碎尖石攻击，月亮伊布用恶之波动同样粉碎尖石攻击。
格拉吉欧道：“可以了！今天就到此为止吧！继续保持，就是这个状态。”
莉莉艾从森林中跟着白滚滚走出来就看到了格拉吉欧，惊讶道：“哥哥！”
格拉吉欧道：“是莉莉艾啊！上次见面我还没有恭喜白滚滚进化成九尾了！”
莉莉艾有些生气道：“哥哥，现在不是说这个的时候吧！在离开究极异洞后你都不知道什么时候离开的，你就没有什么想对我说的吗？”
格拉吉欧道：“对不起......”
莉莉艾微笑道：“我原谅哥哥了！只是哥哥你为什么会在波尼岛上？”
格拉吉欧道：“我是来找卡噗鳍鳍进行大考验的挑战的。”
莉莉艾道：“小智老师也是为了这件事来的，他想要让上任岛屿之王索夫乌先生的孙女哈普乌继任岛屿女王。”
格拉吉欧道：“这样啊！只是......我来见卡噗鳍鳍还有一个原因，它的能力可以让人见到已经离世之人，我想见到父亲！”
莉莉艾怔愣住了，片刻后道：“这些年听母亲都很少说起父亲的事情，我听芭内特博士说过，父亲在研究究极异洞的时候发生了意外，所以母亲才会这么想要见到虚吾伊德。”
格拉吉欧道：“那时候我年纪也小，具体的事情我也不清楚，父亲给我的最后的记忆是用他温暖的大手**着我的头，那种温暖我到现在也忘不掉。所以我想要通过卡噗鳍鳍的能力，见到父亲，知道当年发生的事情。”
莉莉艾道：“我连这样的记忆都没有，只能从照片上知道父亲大人的模样。哥哥，我也想要见到父亲大人！”
格拉吉欧道：“好，我们一起努力吧！我在波尼岛上进行特训就是希望卡噗鳍鳍能看到我与鬃岩狼人它们的羁绊，从而答应我的对战请求。”
莉莉艾道：“那我也不能输给哥哥！对了哥哥，小智老师和小霞老师现在都在宝可梦中心里，那我就先走了，我还要继续去做我的宝可梦研究课题！”