不知何种原因，数码世界开始出现大量数据断层，数码世界崩塌，史上最强病毒风暴来袭，13位传说中的骑士拼命挽救，但仍有无数不幸的数码兽被卷入其中，化为数码蛋坠入人类世界，因此步入新世纪的人类成立了数码驯兽师协会，并建立驯兽师学院，将所有捡到数码蛋并孵出数码兽的人类录取培养成为强大的驯兽师以备不时之需。数码兽可以和搭档一起在协会分会登记身份生活在人类世界。
至于数码世界为什么会出现断层?为什么数码蛋会坠至人类世界?人类从未停止探索，可一切仍然是谜。但人类中也涌现出卓越的驯兽师——七大执政官，他们是第一代学员中的佼佼者，曾经病毒风暴入侵人类世界，就是他们和自己的伙伴一起抵挡住，拯救了人类世界。一切都有条不紊地发展着，直到2099年——一个特殊的事情在皇家骑士和世界树间发生……
会议室门开了，一个黑色的身影走了进来“你终于来了……”
没等世界树话说完，那个身影抢先开口：“世界树，你想干什么?”
“不许无理，谁允许你这么和世界树大人说话的?”杜纳斯兽看他这么无礼，怒吼道。
“我无理?!别闹了杜纳斯兽，你今天出门难道没带脑子吗？事情闹了这么长时间了，现在我们的世界和人类世界融合越来越严重，我们拼命修补世界树竟然毫无动静!更严重的是这么强的病毒风暴怎么可能只是世界迁徙造成的，世界树，你难道不准备给我们一个解释吗？”黑色身影轻蔑地瞥了一眼他
“你……”杜纳斯兽显然被刚才的话呛住。
“都闭嘴！你们两个，现在还没搞清楚什么情况，不能妄下定论！出了这么大的事我们都很着急,但越是这样我们越要冷静。”奥米加兽打断两人的争执。
“好吧，现在我只想问世界树大人，您的那个计划是什么?还有，您打算怎么解决这个问题？”黑色身影耸耸肩。
“我不是已经说过了吗，时代变迁，我们必须改造我们的世界，否则数码世界就会发生不好的事情。至于病毒风暴只是扩充中出现的变异罢了，再过一段时间自然会消失，你们只需做好防卫和救援工作就好了。”世界树说完。一时间，会议室陷入了死一般的沉寂。
良久，黑色身影开口，语气充满嘲讽：“哦，您是想吞噬人类世界来扩充数码世界吗……”
“阿尔法兽，注意你的言辞！”奥米加兽对于他的态度大为不满。
被称为阿尔法兽的黑色身影并未理会奥米加兽，自顾自地说：“让人类成为数码兽的奴隶以达到您心中的所谓‘完美世界’吗……”没人注意到他紧握的拳头。“然后呢，让人类走向灭绝的道路统治两个世界、次元甚至平行时空，随便生杀，而我们，只是你实现野心的工具，可以随便丢弃是吗?！”阿尔法兽起身向前走去。
红莲骑士兽拦在他身前：“别想太多了，阿尔法兽，事情没那么复杂。”
“没那么复杂？在我们被选中为皇家骑士时就宣誓过永远效忠于世界树，永远守护数码世界，我们第一点做到了，但第二点呢，我们确实在守护秩序，但世界树的行为名义上是为了数码世界，为了数码兽，但越来越多的数码兽无辜受难，而且……”他顿了顿：“为什么数码蛋要降落到人类世界？说实话，我没见过扩大规模要入侵其他世界，我们完全可以利用其它平行世界来更好的实现目的。”红莲骑士兽哑口无言，看向世界树。
“我想不通，为什么你要关心一个与我们无关的世界呢?阿尔法兽。”世界树语气冰冷。
“哼，”阿尔法兽冷笑一声：“您这相当于承认了吧，世界树。”他飞了起来，眼里冒出危险的红光：“我是和人类世界没有任何关系，但世界树的所做所为已经严重的打破了两个世界的秩序，这违背了我们加入皇家骑士的初衷以及我们身上背负的职责!我既然选择了皇家骑士这一职位，就应该严守骑士的职责，完成自己的使命，而不是跟着上司的改变而动摇!”
话毕,一直不说话的杰斯兽开口了：“阿尔法兽，我知道你很想改变两个世界的命运，但你现在又有什么能力呢，先下来，况且……”他意味深长地看向世界树：“现在公然和世界树大人开战,是不会改变什么的，你自己还有可能……不用我多说了吧。”言罢，他走了出去。阿尔法兽沉吟片刻，不愧是最为了解自己的伙伴，在言语和动作间就能看穿自己的想法，他瞥了一眼世界树，跟着走了出去。
果然，杰斯兽在外面等着自己，的确，他刚才注意到了阿尔法兽紧握的双拳和颤抖的身体，也感受到了他的决心。“但现在你能做的，只有拼命弥补。”他说，这既是对世界树的不满，也是对挚友的担忧。个中情谊，早已表达得淋漓尽致。
“只能这样了，”阿尔法兽叹了口气，他早已做好了牺牲的准备。
“也许你可以逐一联络其余骑士，这样胜算能更大一点，不过我想问你，人类世界对你而言是什么意义？”杰斯兽眼神坚定。
望着挚友的目光，阿尔法兽自嘲的笑笑：“对你们而言人类世界只是一个世界那么简单，但我只能这样跟你说，人类世界承载了我的太多太多回忆，剩下的就别问了。”
杰斯兽识相的不再追问，讲起了他的计划：“杜纳斯兽是为了正义作战，可以拿这个攻略他。红莲骑士兽对世界树已经有了略微不满，斯雷普兽更不必说，至于我师傅肯定会站在我这边……”
“所以你也打算帮我？”阿尔法兽感到了温暖。
“呵，毕竟谁也不愿放弃那么美丽的世界……啊!”杰斯兽突然痛苦地跪在地上，
“怎么了?”阿尔法兽连忙询问。
突然一股寒风破空而来!阿尔法兽本能地躲过，回过头去，他看到奥米加兽化身为X抗体形态向他挥出一剑，紧接着一条龙飞扑过来，这分明是君主兽X抗体的招式，阿尔法兽不敢怠慢：“王龙剑！”他一声大吼，一把剑从时空裂缝中被抽出，阿尔法兽王龙剑形态登场!他躲过了两波攻击飞到空中，又一发毁天灭地将他命中，他开启未知网域，刚想进去却被一只大手紧攥着拽了出来，是艾克萨兽X抗体!“可恶!”
空中响起世界树嘲弄的声音：“他们的X抗体都是我给予的，只有你比较难控制，所以为了世界，神将赐予你如愿以偿的牺牲!”
“别胡说八道了!我们不需要你这样的神!”阿尔法兽一边逃跑一边喊。
“哦？那他们呢!”说话间所有皇家骑士出现在眼前。
这时他才注意到他们的眼睛都闪着异样的白光——他们都被世界树控制了!阿尔法兽暗骂一声，开启传送门钻了进去，手中的王龙剑不受控制地飞了出去现出原形，王龙兽也因为X抗体的原因沦为了世界树的傀儡，那世界树为什么不控制自己呢？难道他一开始就想让自己……来不及细想，王龙兽将他打了出去，正对上了所有皇家骑士的大招。
“不……”他只来得及发出半声，就看见那个熟悉的身影出现，是他!向自己挥出了终结的一剑!他坠入人类世界，最后一眼，他看见了杰斯兽复杂的眼神，他闭上眼睛：“就这样……结束了……吗……”阿尔法兽化作数码蛋，就此陨落。
偌大的会议室里，皇家骑士们沉默地围坐在世界树旁边——他们被世界树删除了那一战的记忆，“阿尔法兽背叛导致陨落，爆发出的力量填补了塌陷，消灭了风暴，勇士们，继续加油吧。”缺失了一人的会议室回响着世界树机械的声音，那个反对的声音再也不会出现了……
新闻播报着数码世界停止陷落的喜讯，举世欢庆，一个十七八岁的少年迈着轻快的脚步跑着回家，猛然一抬头，感觉什么东西要来了……
世界树的计划还在继续，阴谋拉开帷幕
……
只是人类，会让他如愿以偿吗?当那颗奇特的数码蛋发出耀眼的光芒之时，反击，才刚刚开始……